根据《国家税务总局关于支持新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控有关税收征收管理事项的公告》(国家税务总局公告2020年第4号)第三条规定，纳税人按照《财政部 税务总局关于支持新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控有关税收政策的公告》(2020年第8号)适用免征增值税政策的，不得开具增值税专用发票;已经开具增值税专用发票的，应当开具对应的红字发票或者作废原发票，再按规定适用免征增值税政策并开具普通发票。由于你公司1月份开具的专用发票已经跨月，无法作废，只能在2月份及以后属期开具对应的红字发票，再按规定适用免征增值税政策。因此，你公司在办理2020年1月属期增值税纳税申报时，仍应将当月开具的增值税专用发票中记载的销售额和销项税额，据实填写在《增值税纳税申报表附列资料(一)》征税项目的“开具增值税专用发票”对应栏次。
若你公司在2月份开具了对应红字发票，并重新开具了普通发票，在办理2020年2月属期增值税纳税申报时，应将红字发票对应的负数销售额和销项税额计入《增值税纳税申报表附列资料(一)》 征税项目的“开具增值税专用发票”对应栏次，将普通发票对应的免税销售额等项目计入增值税纳税申报表免税栏次和《增值税减免税申报明细表》对应栏次。
若你公司由于购销双方沟通等原因，在2月份未能及时开具对应红字发票，根据《国家税务总局关于支持新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控有关税收征收管理事项的公告》(国家税务总局公告2020年第4号)第三条第二款规定，纳税人在疫情防控期间已经开具增值税专用发票，按照本公告规定应当开具对应红字发票而未及时开具的，可以先适用免征增值税政策，对应红字发票应当于相关免征增值税政策执行到期后1个月内完成开具。你公司在办理2020年2月属期增值税纳税申报时，可在《增值税纳税申报表附列资料(一)》 征税项目“未开具发票”相关栏次，填报冲减1月增值税专用发票对应的销售额和销项税额(填为负数)，在增值税纳税申报表免税栏次和《增值税减免税申报明细表》对应栏次，填报免税销售额等项目。在后期补开增值税红字发票和普通发票后，进行对应属期增值税纳税申报时，红字发票销售额和销项税额、普通发票免税销售额和免税额不应重复计入。
